Docker
使用Docker安装和运行WRF
进入容器：
检查三个编译器：gfortran、gcc、cpp
1、查看位置：使用命令which查看编译器位置：
可见gfortran编译在容器里面是没有的！
2、查看版本：
3、安装gfortran
使用yum install -y gfortran安装报错：
改用：yum install -y gcc-gfortran
安装成功后检查版本：
安装官网的测试程序测试环境：
还要测试：
删除./TEST_csh.csh前面的注释后可以：
设置环境变量
1、编辑环境变量命令：vi ~/.bashrc
然后按i插入以下环境变量设置：
export DIR="/home/wwwroot/byp/Build_WRF/LIBRARIES"
export CC=gcc
export CXX=g++
export FC=gfortran
export FCFLAGS=-m64
export F77=gfortran
export FFLAGS=-m64
export JASPERLIB=$DIR/grib2/lib
export JASPERINC=$DIR/grib2/include
export LDFLAGS=-L$DIR/grib2/lib
export CPPFLAGS=-I$DIR/grib2/include
export PATH=$DIR/netcdf/bin:$PATH
export NETCDF=$DIR/netcdf
export PATH=$DIR/mpich/bin:$PATH
按Esc；按冒号：；wq，保存推出；
2、激活设置：source ~/.bashrc
下载：
wget -c -b https://github.com/wrf-model/WRF/releases/download/v4.4.2/v4.4.2.tar.gz
wget -c -b https://github.com/wrf-model/WPS/archive/refs/tags/v4.4.tar.gz
需要注册一下，然后跳转到以下下载WRF页面（本地）
git安装：
执行编译： ./compile em_real>&log.compile 使用vi log.compile查看结果：
make[3]: Leaving directory `/home/wwwroot/byp/WRF/WRF/phys'
ar: module_cam_support.o: No such file or directory
make[2]: [physics] Error 1 (ignored)
make[2]: Leaving directory `/home/wwwroot/byp/WRF/WRF/phys'
/bin/sh: line 2: [: -eq: unary operator expected
make[1]: Leaving directory `/home/wwwroot/byp/WRF/WRF'
------------------------------------------------------------------------------
Error Error Error NoahMP submodule files not populating WRF directories
------------------------------------------------------------------------------
make: *** [wrf] Error 31
Docker安装
1、重新创建一个容器
原来看到images里面有centos:latest的，但是使用命令：
docker run -itd --name centos_byp -e TZ=Asia/Shanghai --restart=always --privileged=true -v /share/users_root/hqx_bai/byp/web/systems/Docker:/home/byp/docker centos:latest
发现提示没有latest，需要重新拉镜像：
2、下载安装包
然后进入WRF官网下载WRF和WPS（4.0）：
wget -c -b https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/src/WRFV4.0.TAR.gz
wget -c -b https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/src/WPSV4.0.TAR.gz
3、下载编译器（参考）：
wget -c -b https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/19079/l_BaseKit_p_2023.0.0.25537.sh
wget -c -b https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/19084/l_HPCKit_p_2023.0.0.25400.sh
首先确保有没有安装好编译语言gfortran、gcc、g++以及cpp
使用命令测试是否存在：
which gfortran
which cpp
which gcc
下图可见，在宿主机上gfortran是存在的。但是进入容器内，就未发现：
由于centos8已经停止服务，因此会报错（参考01）：
需要修改软件源mirrors 地址，具体操作如下：
cd /etc/yum.repos.d/
sed -i 's/mirrorlist/#mirrorlist/g' /etc/yum.repos.d/CentOS-*
sed -i 's|#baseurl=http://mirror.centos.org|baseurl=http://vault.centos.org|g' /etc/yum.repos.d/CentOS-*
使用命令：yum install -y gcc-gfortran安装。然后用以下命令查询版本：
gcc --version
gfortran --version
cpp --version
发现都安装了：
4、测试环境：
按照官网介绍，下载测试程序：
wget -c -b https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/OnLineTutorial/compile_tutorial/tar_files/Fortran_C_tests.tar
在新建立的test文件夹内解压测试程序压缩包：
tar -xvf Fortran_C_tests.tar
测试程序：
gfortran TEST_1_fortran_only_fixed.f
./a.out
gfortran TEST_2_fortran_only_free.f90
./a.out
gcc TEST_3_c_only.c
./a.out
gcc -c -m64 TEST_4_fortran+c_c.c
gfortran -c -m64 TEST_4_fortran+c_f.f90
gfortran -m64 TEST_4_fortran+c_f.o TEST_4_fortran+c_c.o
./a.out
然后以下三个程序测试，有两个不行：
./TEST_csh.csh
./TEST_perl.pl
./TEST_sh.sh
./TEST_csh.csh内容：
#!/bin/csh
echo "SUCCESS csh test"
./TEST_perl.pl内容：
#!/usr/bin/perl
print "SUCCESS perl test
";
./TEST_sh.sh内容：
#!/bin/sh
echo "SUCCESS sh test"
由于csh和perl测试失败（见上图），因此安装：
yum install -y csh
yum install -y perl
注意：perl语言的安装的时间需要比较长！
5、安装依赖库：
mpich-3.0.4
netcdf-4.1.3
Jasper-1.900.1
libpng-1.2.50
zlib-1.2.7
在Libraries使用命令：
wget -c -b https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/OnLineTutorial/compile_tutorial/tar_files/mpich-3.0.4.tar.gz
wget -c -b https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/OnLineTutorial/compile_tutorial/tar_files/netcdf-4.1.3.tar.gz
wget -c -b https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/OnLineTutorial/compile_tutorial/tar_files/jasper-1.900.1.tar.gz
wget -c -b https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/OnLineTutorial/compile_tutorial/tar_files/libpng-1.2.50.tar.gz
wget -c -b https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/OnLineTutorial/compile_tutorial/tar_files/zlib-1.2.7.tar.gz
将Libraries拷贝到WRF的文件夹内：
cp -r Libraries/ ../WRF_WorkStation/
先设置一下环境变量：
vi ~/.bashrc
插入一下环境设置：
export DIR=/home/byp/WRF_WorkStation/Libraries
export CC=gcc
export CXX=g++
export FC=gfortran
export FCFLAGS=-m64
export F77=gfortran
export FFLAGS=-m64
export JASPERLIB=$DIR/grib2/lib
export JASPERINC=$DIR/grib2/include
export LDFLAGS=-L$DIR/grib2/lib
export CPPFLAGS=-I$DIR/grib2/include
source ~/.bashrc
可以通过echo $DIR来查看你设置的安装路径：
安装：
（1）netcdf
tar xzvf netcdf-4.1.3.tar.gz
cd netcdf-4.1.3
./configure --prefix=$DIR/netcdf --disable-dap --disable-netcdf-4 --disable-shared
make
make install
似乎有报错：
make: *** [Makefile:551: install-recursive] Error 1
然后配置环境变量：
vi ~/.bashrc
###--->netcdf<---###
export NETCDF=$DIR/netcdf
export PATH=$NETCDF/bin:$PATH
source ~/.bashrc
提示错误：
应该是没有安装g++，不过直接安装g++报错：
yum -y install gcc+ gcc-c++
应该是：
yum install gcc-c++ libstdc++-devel
使用命令查看版本：
g++ -v
使用命令可以查看到g++:
ls /usr/bin/
然后再次：
./configure --prefix=$DIR/netcdf --disable-dap --disable-netcdf-4 --disable-shared
make
make install
终于成功：
然后设置环境变量：
vi ~/.bashrc
###--->netcdf<---###
export NETCDF=$DIR/netcdf
export PATH=$NETCDF/bin:$PATH
source ~/.bashrc
输入命令：
nc-config
（2）mpich
tar xzvf mpich-3.0.4.tar.gz #or just .tar if no .gz present
cd mpich-3.0.4
./configure --prefix=$DIR/mpich
make
make install
make check #测试安装（结果见下图）
环境变量配置：
vi ~/.bashrc
###--->mpich<---###
export MPICH=$DIR/mpich
export PATH=$MPICH/bin:$PATH
source ~/.bashrc
tar xzvf zlib-1.2.7.tar.gz #or just .tar if no .gz present
cd zlib-1.2.7
./configure --prefix=$DIR/grib2
make
make install
tar xzvf libpng-1.2.50.tar.gz #or just .tar if no .gz present
cd libpng-1.2.50
./configure --prefix=$DIR/grib2
make
make install
tar xzvf jasper-1.900.1.tar.gz #or just .tar if no .gz present
cd jasper-1.900.1
./configure --prefix=$DIR/grib2
make
make install
然后配置环境变量：
vi ~/.bashrc
###--->zlib<---###
export ZLIB=$DIR/grib2
export PATH=$ZLIB/bin:$PATH
###--->libpng<---###
export LIBPNG=$DIR/grib2
export PATH=$LIBPNG/bin:$PATH
###--->jasper<---###
export JASPER=$DIR/grib2
export PATH=$JASPER/bin:$PATH
###--->WPS Compiler<---###
export WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1
export LD_LIBRARY_PATH=$DIR/grib2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
source ~/.bashrc
总的环境配置：见文件。
库的兼容性测试
进入test文件夹：
wget https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/OnLineTutorial/compile_tutorial/tar_files/Fortran_C_NETCDF_MPI_tests.tar
首先下载Fortran_C_NETCDF_MPI_tests.tar并解压，然后开始进行两个测试，一个是netcdf的测试，另一个是mpich的测试。
这里注意把设置的NETCDF路径下的netcdf.inc复制到test文件夹下。
cp ${NETCDF}/include/netcdf.inc .
然后测试：
tar -xf Fortran_C_NETCDF_MPI_tests.tar
gfortran -c 01_fortran+c+netcdf_f.f
gcc -c 01_fortran+c+netcdf_c.c
gfortran 01_fortran+c+netcdf_f.o 01_fortran+c+netcdf_c.o
-L${NETCDF}/lib -lnetcdff -lnetcdf
./a.out
mpif90 -c 02_fortran+c+netcdf+mpi_f.f
mpicc -c 02_fortran+c+netcdf+mpi_c.c
mpif90 02_fortran+c+netcdf+mpi_f.o
02_fortran+c+netcdf+mpi_c.o
-L${NETCDF}/lib -lnetcdff -lnetcdf
mpirun ./a.out
将WRF和WPS安装包拷贝到同一个目录下，然后解压：
cp ../docker/WRFV4.0.TAR.gz ./
cp ../docker/WPSV4.0.TAR.gz ./
tar -xf WRFV4.0.TAR.gz
tar -xf WPSV4.0.TAR.gz
然后先进入WRF文件夹：
./configure
15
1
./compile em_real >& log.compile
ls -ls main/*.exe
但是出现报错：
根据提示，其实perl是已经安装了的：
所以应该只是需要安装m4：
yum install m4
然后再执行：
./compile em_real >& log.compile
但是一下之就跳出来了，说明有问题，于是查看：
vi log.compile
还是ifort的问题：
然后将ifort安装文件拷贝过来：
cp ../docker/l_HPCKit_p_2023.0.0.25400.sh ./
cp ../docker/l_BaseKit_p_2023.0.0.25537.sh ./
sh ./l_BaseKit_p_2023.0.0.25537.sh
sh ./l_HPCKit_p_2023.0.0.25400.sh
开始需要的时间就比较长：
然后开始安装BaseKit：
然后开始安装HPCKit：
注意一定要设置环境变量：
find / -name setvars.sh
环境变量：
vi ~/.bashrc
# intel compiller
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh --force
source ~/.bashrc
依然出错：
which SFC
/bin/sh: which: command not found
安装which：
yum install -y which
但是依然经过2分钟又跳出来了：
报错：
有文章说：之前运行过WRF了，需要 ./clean -a 指令清除之前的过程， 然后重新编译./configure ./compile，结果就出来了
不过，还是不成功：
查看日志，发现time没有安装，于是
yum install -y time
根据文章介绍：
注意：如果重新编译需要先执行./clean -aa,不要使用./clean -a,./configure之后都需要重新修改configure.wrf文件。
继续分析log文件：
icc: remark #10441: The Intel(R) C++ Compiler Classic (ICC) is deprecated and will be removed from product release in the second half of 2023. The Intel(R) oneAPI DPC++/C++ Compiler (ICX) is the recommended compiler moving forward. Please transition to use this compiler. Use '-diag-disable=10441' to disable this message.
landread.c(68): catastrophic error: cannot open source file "rpc/types.h"
#include
^
根据文章介绍：
yum install -y libtirpc-dev
ln -s /usr/include/tirpc/rpc/types.h /usr/include/rpc
因为安装libtirpc-dev失败，因此升级yum：
yum update -y
其实是漏了一个字母：l ！！！
yum install libstdc++-devel libtirpc-devel
问题分析:
rpc/types.h是libtirpc-devel软件包里的文件，在fedora 7版本以后就从glibc单独拿出来了。升级安装libtirpc软件包。并添加头文件，链接到库。
yum install -y libtirpc-dev
ln -s /usr/include/tirpc/rpc/types.h /usr/include/rpc
依然编译失败。
报错：
landread.c(69): catastrophic error: cannot open source file "rpc/xdr.h"
#include
根据文章介绍rpc问题：
cannot open source file "netconfig.h"
ln -s /usr/include/tirpc/rpc/netconfig.h /usr/include/rpc
cd /usr/include/tirpc/rpc/
ln -s /usr/include/tirpc/netconfig.h /usr/include
进入rpc文件夹：
cd /usr/include/tirpc/rpc/
ln -s /usr/include/tirpc/rpc/xdr.h /usr/include/rpc
然后返回：
cd /home/byp/WRF_WorkStation/WRF
现在不出现rpc问题了，也就是需要连接：
ln -s /usr/include/tirpc/rpc/types.h /usr/include/rpc
ln -s /usr/include/tirpc/netconfig.h /usr/include
ln -s /usr/include/tirpc/rpc/xdr.h /usr/include/rpc
解决rpc问题了，又出现：
module_physics_init.f90(4481): error #7013: This module file was not generated by any release of this compiler. [NETCDF]
use netcdf
------^
根据文章介绍，需要修改configure.wrf:
DM_FC = mpiifort
DM_CC = mpiicc
CC_TOOLS = icc
#注意：CC_TOOLS需要按照上面的方式修改。否则源码中的一个standard.c无法正常编译
./compile -j 4 em_real 2>&1 | tee compile.log
./compile em_real>&log.compile
在第9次编译后，依然出现问题：
registry.c(63): warning #266: function "sym_forget" declared implicitly
sym_forget() ;
^
问了专家：
安装wrf用的intel编译器，netcdf安装时不是用intel的，，要用同一套编译器安装，才可以
网上说：
新版的netcdf吧c和fortran代码拆分出来了，但是WRF模式编译依赖于netcdf-fortran，而netcdf-fortran安装依赖于netcdf-c，因此这两个库都要装
make clean
./configure --prefix=$DIR/netcdf --disable-dap --disable-netcdf-4 --enable-shared
make
make install
WRF Docker Container Tutorial Information
容器操作实践
WRF安装
WRF模式安装+详细运行教程
WRF模式安装记录
地球科学社|WRF数值模型快速安装